Обычно происходит так, что изначально существует станция с именем X (которая может быть названа или не быть названа в честь города, в котором она расположена). В какой-то момент принимается решение, что район нуждается в новой станции, и что новая станция должна быть просто названа “Shin-X”, что следует понимать как “новый X”.
Иногда причина, по которой необходима новая станция, заключается в том, что планируется новая линия Синкансэн к району, и определяется, что существующая станция не подходит для ее размещения. Так случилось, например, в Шин-Осаке: в районе вокруг станции Осака не хватало места для необходимого развития.
Однако может быть много других причин, по которым необходима новая станция. В случае Шин-Саппоро она должна была служить новой городской застройке (которая, кстати, также называлась Шин-Саппоро). Интересным является Синь-Рифу (в городе Рифу, недалеко от Сэндая), который был основан, когда начала работать Синкансэн Тохоку, не потому, что Синкансэн фактически ходит на эту станцию, а для размещения сотрудников и посетителей соседнего железнодорожного двора Синкансэн. На японской странице википедии станции обычно есть раздел “История”, где приводится некоторая справочная информация о ее создании.
И иногда Синь является лишь частью “фактического” названия станции, как это происходит со станцией Синтоку (в городе Синтоку, Хоккайдо).